VitisMod:一个葡萄基因共表达数据库

作者：刘伟; 魏晓玲; 何华勤

来源：生物信息学, 2022, 1-9.

• 基因共表达
• 枢纽基因
• 连接度
• 葡萄
• 网络工具

葡萄转录组已在各种组织、发育阶段、生物胁迫、非生物胁迫和其他条件下被测定。目前，仍没有简单实用的网络工具来探索这些宝贵的数据。本文从美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库（NCBI GEO）下载1019个基因表达芯片数据，进行权重基因共表达网络分析（WGCNA）。鉴定到41个基因共表达模块。功能富集分析发现这些模块具有不同的功能，并与实验/表型相关。通过模块内连接度筛选枢纽基因，这些基因可能具有重要功能。通过关联推定（Guilt-by-association）原理对模块内功能未知的基因进行功能预测。最后，构建了免费的网络工具VitisMod，为葡萄的基因功能研究提供新资源，网址为：http://bioinformatics.fafu.edu.cn/grape/。

• 单位
  生命科学学院; 福建农林大学