基于miRNA芯片对系统性红斑狼疮的生物信息学分析

作者：孔杰; 高瑛瑛; 王雪琴^*

来源：基础医学与临床, 2021, 41(06): 865-870.

DOI：10.16352/j.issn.1001-6325.2021.06.016

• 系统性红斑狼疮
• 生物信息学
• 树突状细胞
• miRNA

目的运用生物信息学分析系统性红斑狼疮(SLE)患者单核细胞起源的树突状细胞(moDCs)中miRNA与健康人的表达差异。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中下载GSE79240数据集,R语言筛选差异miRNA,Funrich软件分析差异miRNA的GO富集、KEGG信号通路及转录因子,MiRTarBase数据库进行靶基因预测。结果筛选出19个差异miRNAs,其中11个上调,8个下调。GO富集显示差异miRNA的生物学功能主要集中在信号传导及细胞间通讯;细胞组成主要位于细胞核及细胞质;分子功能主要集中在转录因子、泛素特异性蛋白酶及受体信号复合物支架。KEGG信号通路主要集中在蛋白多糖信号通路、TRAIL信号通路及S1P信号通路。与miRNA有关联的转录因子主要包括:SP1、SP4、EGR1及POU2F1。14个miRNA经实验验证有靶基因。结论在SLE患者的moDCs中发现19个差异miRNAs,可能在SLE的发病机制中起到了重要作用,为SLE的诊断提供新的思路。

• 单位
  南通大学; 南通市第一人民医院