粗毛纤孔菌转录组密码子偏好性分析

作者：王敬; 李立; 刘备备; 王晖; 王鹏; 杨贵明; 宋永学^*

来源：北方蚕业, 2023, 44(03): 20-27.

DOI：10.19443/j.cnki.1673-9922.2023.03.008

• 桑黄
• 转录组
• 密码子使用偏好性

粗毛纤孔菌(Inonotus hispidus)是桑黄的一种，具有极高的药用价值。本研究为了揭示粗毛纤孔菌转录组编码序列对密码子使用的偏好性及特点，利用CodonW、Python软件等对粗毛纤孔菌转录组进行分析计算，共筛选出符合条件的10 716条编码序列。结果显示：GC、GC3s的平均值分别为51.7%和50.8%,ENC的平均值为59.41,且ENC值大于35的占97.8%,密码子偏好性较弱。ENC-plot绘图发现基因并没有均匀的分布在曲线的两边，偏倚性分析显示基因主要分布于中心的周围，说明粗毛纤孔菌在密码子使用偏好性上是受突变压力和自然选择等多重因素的影响。经筛选共选出14个最优密码子，且在最优密码子中第三位碱基更倾向于使用G和C。粗毛纤孔菌桑黄与库德里阿兹威酵母、家蚕、拟南芥和大肠杆菌密码子使用频率对比发现差异较大。本研究为粗毛纤孔菌桑黄在进化及外源生物中的表达提供参考。

• 单位
  承德医学院