中枢神经系统感染性疾病包括脑炎、脑膜炎、脑膜脑炎、脊髓炎、脑脊髓膜炎等,感染的病原微生物复杂多样。明确感染的病原微生物种类是该类疾病诊治的重点。目前相关的实验室检测方法众多,但每种检测方法都有其本身的优劣性。二代基因测序技术作为一种新兴的分子诊断技术,在该疾病的诊断中应用越来越广泛。本文就二代基因测序技术在不同类型中枢神经系统感染中的应用进行综述。