南明政权无法继续依靠勋将时,对土司和农民军的依赖性开始显露。福王政权时,对土司的依赖关系开始产生,而农民军始终是明朝的宿敌,明朝对外方针是“联清抗贼”。从唐王政权到桂王政权前期,南明政权对土司的依赖性受地方督抚的影响呈现出先降后增的趋势,而对农民军呈现相反的变化。桂王后期,大西军利用军政合一的组织结构控制南明君臣,并最终融合了土司和大顺军余部。南明政权对土司、农民军的依赖性变化也伴随着南明政权内部矛盾和领导结构的变化。