基于高通量测序研究甘松根际细菌及药用部位内生细菌群落结构及多样性

作者：李莹; 钟海蓉; 李奕松; 威则日沙; 李文兵; 刘圆^*

来源：中草药, 2022, 53(03): 835-847.

• 甘松
• 根际细菌
• 内生细菌
• 群落结构
• 多样性

目的探析并比较野生甘松Nardostachys jatamansi与仿野生栽培甘松的根际细菌与内生细菌的种群组成、丰富度、多样性及差异性。方法以野生甘松和仿野生栽培甘松的根际土壤、根及根茎为研究样本,基于Illumina MiSeq第二代高通量测序技术对根际土壤细菌、根及根茎内生细菌的16S rDNA V4-V5区进行序列测定,并进行相关生物信息学分析。结果各组样本基因组经16S测序,细菌群落的所有序列分别进行97%的相似水平下的物种分类单元(operational taxonomic units,OUT)分类,根际细菌共涉及22门、38纲、69目、119科、254属、268种,内生细菌共涉及16门、29纲、60目、107科、199属、145种。根际、内生细菌群落中共有的序列分别为498个、177个,主成分分析的最主要2类主成分(PC1和PC2)类群的比例综合分别接近70%、60%,其中丰度排在前4位的依次为变形菌门、放线菌门、酸杆菌门和拟杆菌门,其他类群的类别及相对丰度存在一定差异。优势细菌差异分析中,各组细菌群落组成及相对丰度差异很大。结论野生甘松和仿野生栽培甘松的优势促生菌群可能主要集中于变形菌门、放线菌门、酸杆菌门和拟杆菌门,可从中筛选出核心功能微生物混合菌群,对改良仿野生培育甘松土壤的微生物环境具有理论指导意义。

• 单位
  西南民族大学; 凉山彝族自治州第二人民医院; 四川中医药高等专科学校