基于RNA-Seq技术苹果基因结构优化与新转录本预测

作者：倪伟; 高付凤; 杨恒峰; 张佳腾; 徐金; 毛志泉; 陈学森; 沈向

来源：植物生理学报, 2017, 53(08): 1532-1538.

DOI：10.13592/j.cnki.ppj.2016.0533

• 苹果
• RNA-Seq
• 基因结构优化
• 新转录本预测

苹果(Malus domestica)已经完成全基因组测序并公布全基因组图谱,但是基因注释信息很不完善,因此本试验利用RNA-Seq技术对苹果已注释基因结构进行优化和新转录本预测。以‘富士’花后15、30、45、60 d的果肉为材料提取总RNA,构建文库并使用Illumina双末端测序HiSeq 2500平台进行测序,获得高质量的序列(clean reads)。将得到的结果与苹果‘金冠’参考基因组进行比对,共优化了13 272个已注释基因的结构,优化基因5′端和3′端数目分别为8 843个和8 955个,另外,共鉴定得到1 604个新的转录本,部分基因参与了苹果的转录表达调控、生长调节、氨基酸和糖类等的代谢过程。

• 单位
  作物生物学国家重点实验室; 山东农业大学