三阴性乳腺癌肿瘤微环境特征免疫相关生物学标志物筛选及功能预测分析

作者：苏芃; 毛晓韵; 关舒; 崔梦遥; 金紫凝; 金锋^*

来源：中国肿瘤外科杂志, 2020, 12(04): 348-355.

• 三阴性乳腺癌
• 免疫微环境
• 预后情况
• 生物信息学

目的通过研究三阴性乳腺癌(TNBC)患者中的免疫微环境细胞浸润情况,从免疫微环境层面对TNBC患者的预后进行分析,提出新的TNBC免疫预后相关生物学标志物并描述其在TNBC中的生物学过程,为临床治疗TNBC提供新的治疗靶点。方法检索GEO TNBC相关公开数据库并下载样本的转录组学信息,通过CIBERSORT分析TNBC患者的免疫细胞成分,再通过无监督聚类对TNBC患者的免疫细胞成分进行聚类,寻找最佳的分类类型。采用差异基因分析探索TNBC中表达量异常的基因;通过lasso-logistic模型进行降维筛选免疫亚型的生物标志物;通过WGCNA进行基因共表达分析,并通过GSEA分析基因模块的主要富集的通路注释其参与的生物学过程。结果通过整理下载的GSE103091数据,共纳入包含mRNA数据和完整总生存数据TNBC患者100例,其免疫细胞成分可分两类:低免疫浸润组43例,其中转移19例(44.2%);高免疫浸润组57例,其中转移11例(19.3%),两组转移患者比例差异有统计学意义(χ2=6.09,P=0.01)。低免疫浸润主要受到正向免疫调节相关通路和细胞刺激因子相关通路的调控,患者总生存较低,预后不良。通过Lasso-Logistic迭代特征选取算法分析发现,FOLH1、WDR18、LINC00638、OAS3、SETDB2可以很好地代表TNBC的免疫亚型,并且发现FOLH1、WDR18、LINC00638、OAS3、SETDB2可以作为预测TNBC患者预后的关键基因。结论在TNBC患者中FOLH1、WDR18、LINC00638、OAS3、SETDB2是重要的预后相关基因,并且通过T细胞激活等免疫调节相关通路影响患者预后。

• 单位
  中国医科大学附属第一医院