重组GII型诺如病毒长沙株全基因组序列的测定与分析

作者：陈静芳; 姚栋; 张如胜; 欧新华; 李灵之; 孙边成^*

来源：现代预防医学, 2019, 46(19): 3593-3596.

• 诺如病毒
• 基因组
• 重组

目的对2016年长沙地区一起由GⅡ型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情致病原进行全基因组序列测定,掌握其基因类型、分子进化特征和抗原重组情况。方法提取疫情中患者粪便标本的总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增病毒全基因组并采用Sanger法测序,比对拼接后获得病毒全基因组序列;通过BLAST比对和诺如病毒在线分型工具(typing online tool)确定其基因型别;从GenBank中下载GⅡ型诺如病毒参考序列,采用DNA Star软件进行序列多序列比对和同源性分析,绘制系统遗传进化树,基因重组特征分析采用SimPlot软件。结果通过一代测序获得病毒基因组序列长7 491 bp,有3个开放阅读框(ORF),长度分别为5 100 bp,1 647 bp,765 bp。多序列比对和同源分析发现ORF1区与GⅡ.P12型代表株同源性最高,VP1区则与GⅡ.3型同源性最高;因此,将该毒株命名为Hu/GⅡ.P12-GⅡ.3/CS02/2016/CHN。分子遗传进化分析显示其与中国其他地区如北京、上海、广东等地流行的GⅡ.P12-GⅡ.3重组型诺如病毒亲缘关系最为接近。抗原重组分析发现Hu/GⅡ.P12-GⅡ.3/CS02/2016/CHN长沙株重组位点在5 080 bp,为ORF1与ORF2重叠区的起点。结论除了GⅡ.P16-GⅡ.2重组诺如病毒的广泛流行外,长沙地区仍存在GⅡ.P12/GⅡ.3重组诺如病毒的散发流行,需加其强监测。

• 单位
  长沙市疾病预防控制中心