OrchidBase 3.0:一个兰花基因功能和基因组进化研究的数据库

作者：蔡文杰; 付志雄; 萧郁芸; 吴宛霖; 章迪杨; 兰思仁; 刘仲健^*; 陈虹桦

来源：福建农林大学学报（自然科学版）, 2019, 48(04): 440-446.

DOI：10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2019.04.006

• 兰花
• OrchidBase
• 转录组
• 全基因组
• 小兰屿蝴蝶兰
• RPKM

兰科为被子植物的最大科,兰科植物是经济价值非常高的世界性观赏植物,其基因组学和转录组学数据可为进一步推动兰花育种和研究提供帮助.本研究团队在建立的OrchidBase 1.0、2.0数据库的基础上,利用小兰屿蝴蝶兰的全基因组数据建立了基于网页版的OrchidBase 3.0数据库.OrchidBase 3.0数据库包含了小兰屿蝴蝶兰基因组拼接支架序列的信息以及基因注释、基因定位、基因结构、KEGG途径和BLAST搜索等内容;此外,该数据库也提供了小兰屿蝴蝶兰的基因序列和每千碱基读数每百万映射读数(RPKM).OrchidBase 3.0数据库的在线资源可以通过网页浏览、文本和BLAST搜索获取,搜索结果会显示在网站上并可供下载,用户可通过该数据库下载小兰屿蝴蝶兰的基因组拼接支架序列及预测的基因和蛋白质序列.http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw为OrchidBase3.0数据库的免费网站链接.

• 单位
  福建农林大学; 生命科学学院