本发明公开了一种基于GPU并行计算的第三代测序RNA-seq比对方法,该方法通过获取包含目标序列和查询序列的数据集,然后对查询序列即第三代测序的RNA-seq进行数据纠错；以及数据索引和播种；再对播种得到的种子进行链算法；利用GPU并行计算进行基因组比对和剪接序列比对得到比对结果；最后对比对结果进行评估；经测试,本发明的方法通过预先对第三代测序数据纠错和剪接比对策略,提高了算法的准确率,又使用GPU并行计算算法提高了算法的运行速度。
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